Od chvíle, kdy Selene se svým lidsko-lykanským milencem Michaelem zničili prastarého upíra Marcuse ve filmu Underworld: Evolution, uběhlo již patnáct let. V jejich průběhu lidstvo odhalilo existenci jak upírů, tak lykanů, a rozpoutalo válku s cílem obě rasy vyhladit. Selene, která byla v průběhu genocidy zajata, se po více než deseti letech probouzí jako vězeň v neprodyšně uzavřené laboratoři společnosti Antigen, mocné korporace, která se snaží vyvinout vakcínu proti virům, jenž mají na svědomí existenci upírů a lykanů.

Selene je zničena zjištěním, že Michael zemřel, ale smutek je velice záhy překonán šokujícím zjištěním, že v průběhu svého kryogenního spánku porodila dceru Eve (India Eisley). Ve snaze najít úkryt pro sebe i své dítě se Selene ocitá ve světě, kde jsou příslušníci její kdysi tak hrdé rasy na hranici vyhubení a zbytky přežívajících se ukrývají v podzemí.

Odvržena zbývajícími klany se Selene rozhodne spojit své síly s mladým upírem Davidem (Theo James), který se k ní připojí v krvavém tažení proti Antigenu, jenž se snaží zničit ji i její dítě. Když jí na stopu přijdou také její obvyklí nepřátelé, lykani, zdá se, že je i Selene naprosto bezmocná proti nejzákeřnějšímu protivníkovi v historii série Underworld: geneticky vylepšenému superlykanovi.

Underworld: Probuzení vnáší jakožto první film této série, natáčený ve 3D, do velkolepých bojů mezi upíry a lykany ohromující nový rozměr.

V hlavní roli upírské bojovnice Selene se vrací Kate Beckinsale, hvězda prvních dvou dílů série. Uvězněné Selene se podaří uprchnout ze zajetí a ocitá se ve světě, ve kterém lidé odhalili existenci upírských i lykanských klanů a rozpoutali nemilosrdnou válku s cílem obě nesmrtelné rasy zcela smazat ze světa.