Marissa Cortez Wilsonová má vše, po čem touží - úspěšného a pohledného manžela, nádherné miminko a dvě úžasně chytré, nevlastní děti… jenže nic není tak růžové, jak se zdá. Její malá dcera si dělá, co chce, dvojčata, Rebecca a Cecil, ji jemně řečeno nesnáší a manžel by ani nepoznal, že doma žije se superšpionkou.

Marissin svět se otočí vzhůru nohama, když šílený padouch hrozí ovládnout svět a ona je povolána do akce. Kromě ní jsou však do záchranné mise zapojeni i Rebecca s Cecilem. Nejen že zjistí pravou totožnost své macechy, musí také zapojit své mozkové závity a přijít na to, jak zloducha zneškodnit. Veškerá legrace jde teď stranou. Spy Kids bojují za záchranu stroje času.