Akcí nabitý Shenandoah vypráví příběh o muži, jenž čelí vážnému dilematu. James Stewart zde září jako farmář z Virginie v době války Jihu proti Severu. Odmítne podporovat armádu Konfederace, protože je proti otroctví, ale zároveň se nechce přidat ani k vojskům Unie, jelikož má v sobě zakořeněný hluboký odpor k válce. Když je jeho syn uvězněn, Stewart se jej vydá hledat. Tváří v tvář válečným hrůzám však nemůže již déle zůstat nestranným.