Dva roky po hádce, která způsobila rozpad skupiny Záhady s.r.o., jsou Scooby-Doo a jeho partička amatérských detektivů Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy (Matthew Lillard) a Velma (Linda Cardellini) jednotlivě pozváni na Strašidelný ostrov, aby přišli na kloub sérii paranormálních událostí v místním zábavním parku. Majitel parku Emile Mondavarious (Rowan Atkinson) se pokouší dát skupinu znovu dohromady, aby vyřešili nadpřirozenou záhadu dřív, než parku odežene všechny mladé návštěvníky. Scooby a spol. se musí vyrovnat s osobními neshodami a zapomenout na všechny případy, které kdy předtím řešili, aby mohli zachránit nejen sebe, ale možná i celý svět.