Od událostí předestřených v předchozím snímku Galaktický expres 999 uplynulo několik let. Mladík Tecuró Hošino po svých dobrodružstvích ve vesmíru, která ho přivedla k poznání hodnoty lidského života, zůstal na Zemi. Tam v současnosti zuří válka mezi zbytky lidí a jednotkami mechaimpéria. Tecuró nečekaně dostává vzkaz od Maetel, aby nasedl na galaktický expres 999 a vydal se za ní. Jak ale postupem času poznává, tentokrát ani personál expresu neví, kde vlastně leží cíl této evidentně poslední cesty legendárního vesmírného vlaku. Podobně jako předchozí Tecuróova výprava do vesmíru, také jeho nové dobrodružství ho zavede na rozličné světy, kde jednak musí čelit mnohým nástrahám, ale současně přehodnocuje svůj postoj k válce mezi mechalidmi a jinými obyvateli galaxie. V souladu s hrdinovým dospíváním předkládá vyprávění mnohem zádumčivější a mnohoznačnější pohled na otázky lidské identity a existence. Režie snímku se opět zhostil věhlasný režisér Rintaró. Pod jeho vedením vzniklo jedno z předních děl klasického období japonské animace, které se vyznačovalo symbiózou komerčních prvků a expresivních vyjadřovacích prostředků převzatých z oblasti experimentální kinematografie. Celkový styl snímku v sobě snoubí až pohádkovou naivitu s osudovou tíhou osudů tragických postav a jejich vypjatých existenciálních konfliktů. V tomto ohledu film přesně vystihuje atmosféru osobitých space oper Reidžiho Macumota, jenž je autorem předlohy.