Do anglického sídla Misselthwaite, které nyní v roce 1946 slouží jako sirotčinec, přijíždí ze Států malá Lizzie Buscanová. Součástí panství, patřícího lady Mary a siru Colinovi Cravenovým, je i tajemná zahrada plná květin a zvířat, kterou spolu objevili už jako děti. Před nedávnem lady Mary svěřila kvůli cestě do zahraničí rezidenci a klíče od zahrady do péče obětavé, ale poněkud pověrčivé Marthy Sowerbyové. Stárnoucí dáma však nemůže dveře do zahrady objevit, a proto dá probourat nové a děti sem pouští jen v neděli na hodiny estetiky. Pak ale náhle vše, co kvetlo a bujelo, začíná vadnout a hynout, což trápí především Lizzii, která chce magické místo se zlomeným srdcem přivést zase k životu.