Ve filmu Muži v černém II se spolu opět sejdou Kay (Tommy Lee Jones) a Jay (Will Smith), aby bojovali proti nebezpečné svůdkyni, která je postaví před nejtěžší úkol, jaký kdy řešili: zachránit Zemi před vyvrheli z vesmíru.

Uplynuly čtyři roky od chvíle, kdy agenti odvrátili obrovskou intergalaktickou katastrofu. Kay se vrátil k pohodlnému civilnímu životu, zatímco Jay pokračuje ve své práci pro MIB, vysoce fundovanou, ale stále neoficiální agenturu, která řídí všechny mimozemské věci na Zemi.

Během vyšetřování zdánlivě běžného zločinu odhalí Jay ďábelské spiknutí řízené Serleenou (Lara Flynn Boyle), zlou kylothianskou nestvůrou, která je přestrojená za sexy modelku luxusního spodního prádla. Když Serleena vezme celou budovu MIB jako rukojmí, může se Jay obrátit na jediného člověka: svého bývalého kolegu, který je nyní zašitý v jiném velkém vládním úřadě - na poštovním úřadě, a dává přednost obyčejným potěšením, jako jsou koláčky své ženy, před nerozhodnou hrou s mamutím mimozemským hmyzem.

Je to závod s časem, protože Jay musí přesvědčit Kaye, jediného žijícího člověka, který je odborník na záchranu galaxie, aby pomohl MIB zachránit Zemi před možnou zkázou.