Již téměř dvacet let žije Neo (Keanu Reeves) zdánlivě poklidný život jako Thomas A. Anderson v San Franciscu. Navštěvuje terapeuta, který mu předepisuje modré pilulky. Potkává každý den Trinity (Carrie-Anne Moss), ale navzájem se nepoznávají. Jednoho dne narazí na Morphea, který mu nabídne červenou pilulku, aby znovu otevřel svou mysl Matrixu.