Japonsko, budoucnost, skončila krutá světová válka. Věda postupuje mílovými kroky a díky sofistikované kybernetice dává lidem možnost prodloužit si život a zmenšit utrpení. Protože je celé lidstvo propojeno v jeden systém myslí a osobností známý jako duchové, jsou největší hrozbou civilizace kyber teroristé, kteří jsou schopní se zmocnit lidských těl a jejich vzpomínek. Když se virus zvaný Fire-Starter, který napadá duchy, začne šířit systémem, což způsobí atentát na japonského předsedu vlády, jsou major Motoko Kusanagi a její elitní tým speciálních agentů přivoláni do akce, aby vystopovali původ viru. Čím více se dozvídají, tím více nachází důkazů o vládní korupci a tajemném makléři s až příliš povědomou tváří. Když může cíl být všude a vypadat jako kdokoli, nezbývá než věřit vlastnímu duchovi a doufat, že nejste nakažení taky.