Film se navrací svou hlavní dějovou linií do časů, ve kterých se nacházela posádka Battlestar Galacticy a Battlestar Pegasus přibližně uprostřed druhé série stejnojmeného seriálu. Lee Adama se stal právě komandérem Pegasu a hledá si své nové vysoké důstojníky. CAG je nepřekvapivě kapitán Cara Thrace a XO bude na lodi zcela nová, v seriálu nikdy neviděná postava, major Kendra Shaw. Právě když je flotila v plné síle a má ve svých řadách dvě Battlestar, rozhoduje se dvojice komandérů pro záchrannou misi, ve které půjde o osvobození lidí unesených před několika lety Cylony na jejich první Basestar. Velmi napjatá atmosféra je doplňována vzpomínkami jednotlivých členů posádky na dobu, kdy Pegasus bojoval proti cylonům zcela sám a tak film není pouze čistou sci-fi vesmírnou akcí, ale je i velkým přínosem pro pochopení psychiky posádky obou Battlestarů.