Atentát volně navazuje na příběh postav, které diváci znají ze seriálu Expozitura. Od té doby, co se Dan Chládek a Tereza Hodačová rozešli, stal se z Dana samotář. Snaží se upozornit na řadu podezřelých případů, které mají vztah k prezidentovi Václavu Wolfovi nebo lidem kolem něj. Nikdo ho však nebere vážně, ani Tereza, která získá místo v osobní ochrance prezidenta. Po pokusu o atentát na hlavu státu Tereza zjišťuje, že v něm Dan může mít prsty. Vydá se proto po jeho stopě a mapuje případy, které řešil v minulosti. Střípky těchto kriminálních kauz, vyprávěné zpětně, pak přinesou klíč k pochopení aktuálního dění a přinesou překvapivé rozuzlení.

Hlavní hrdiny seriálu Terezu Hodačovou (Hana Vagnerová) a Dana Chládka (Robert Jašków) doplní prezident republiky Václav Wolf (Jan Kraus), jeho žena Ester Wolfová (Anna Šišková), prezidentův poradce Jiří Forestek (Marek Taclík), majitel bezpečnostní agentury Stín Bronislav Miler (Jiří Dvořák), na základě prezidentské milosti propuštěný Ota Kofčín (Jan Dolanský) a Danova nová parťačka Eva Jánská (Andrea Opavská), se kterou vyšetřuje všechny případy vyprávěné v minulosti.

Seriál představí i řadu dalších postav, jejichž prostřednictvím vypráví příběhy různých kriminálních případů, například přípravy zbrojních zakázek na míru, obohacování se na předražených stavebních zakázkách, vzájemného prodeje vysokoškolských diplomů, nelegálního financování politických stran a další.