35 000 let před naším letopočtem. Dvojice pralidí se ve tmavé jeskyni setkává s podivnou, nepřátelskou bytostí, zjevně minozemského původu. Teče krev a také zvláštní černá kapalina, člověk je zděšen. O 37 tesíc let později vstupuje obdobná tekutina do života skupinky dětí a vzápětí i několika záchranářů. V kancelářské budově v Dallasu je nalezena časovaná nálož, jež později vybuchne, a nikdo zatím netuší, jaké je mezi oběma událostmi souvislost. Na tu a na spoustu dalších věcí musejí přijít až agenti FBI Fox Mulder (David Duchovny) a Dana Scullyová (Gillian Andersonová). Ti čelí obvinění ze zavinění smrti několika lidí. Jak to, že jsou ale mrtví, když ve zdemolované budově v době výbuchu vůbec nebyli, proč, když už jsou mrtví, vypadají jejich těla jako obří želatinoví medvídci a konečeně co je zač ten prapodivný virus, který mrtvoly vyrobil?

Tajemné konspirace, nevysvětlené záhady, paranormální jevy, setkání s budoucností, agenti FBI Fox Mulder a Dana Scullyová - to jsou v kostce atributy prvního celovečerného filmu se značkou Akta X. Jde o kompletní novinku, ve filmu tedy není použita jediná sekvence, jediný záběr z TV seriálu ani ze série vydané na videokazetách.