Stargate Atlantis je velké dobrodružství s novým týmem v prostředí Stargate a navazuje na seriál Stargate SG-1. V tomto seriálu od MGM je nalezeno bájné ztracené město Antiků - Atlantis. Toto město se před miliony let nacházelo v Antarktidě, ale Antikové kvůli postupujícímu ledu ze Země odletěli spolu s městem Atlantis.

Tam objeví město Atlantis, které je jedním velkým ostrovem. Antikové toto město schovali před jejich velkým nepřítelem Wraithy pod vodu. Po příchodu týmu se město zase vynoří zpět na hladinu. Ve městě naleznou úžasné technologie. Při prozkoumávání základny, kterou Antikové zanechali na místě, kde dříve bylo to město se zjistí, že Atlantis se nenachází v naší galaxii, ale ve vzdálené malé galaxii, jménem Pegasus.